许多科学家认为这就是真核生物的起源。这是我们的创世故事：两个伟大的生命域走到了一起，在有史以来最伟大的共生事件中，创造出了第三个生命域。古菌提供了真核细胞的基本架构，细菌则最终转变成了线粒体。
许多科学家认为这就是真核生物的起源。这是我们的创世故事：两个伟大的生命域走到了一起，在有史以来最伟大的共生事件中，创造出了第三个生命域。古菌提供了真核细胞的基本架构，细菌则最终转变成了线粒体。
世界上只有不到100种细菌能让人类患上传染性疾病，8与之对比，我们肠道中的数千种微生物，绝大多数都不会带来危害。
人体皮肤上的微生物主要有丙酸杆菌、棒状杆菌和葡萄球菌，在肠道中居主导地位的是拟杆菌，阴道中的则是乳酸杆菌，霸占口腔的是链球菌。每个器官的不同部位也分布着不一样的微生物。
动物养成相同的习惯后，它们的微生物也会趋同。例如，奈特和同事曾经发现，穿山甲、犰狳、食蚁兽、土豚和土狼（一种鬣狗科动物）等以蚂蚁为食的哺乳动物，都拥有相似的肠道微生物，即使它们已经各自独立演化了差不多1亿年。
共生关系仿佛一条把地球上所有生命联结起来的暗线。为什么像人类和细菌这样如此不同的有机体可以一起生存、合作？因为我们拥有共同的祖先，用相同的编码方法存储 DNA 信息，都把 ATP 分子作为通用的能量货币。所有生命都一样。
一条运作良好的肠道需要巨大的表面来吸收营养，这也是为什么肠壁上密密麻麻地排列着手指状的突起。流经肠道的食物会严重地磨损表皮细胞，所以需要不断地再生更新。表层下面必须分布丰富的血管网络，因为需要运载和输送营养物质。肠壁应该密而不漏——细胞间必须紧紧相连，防止外来分子（和微生物）渗漏到血管中。如果没有微生物的参与，所有这些基本属性都会大打折扣。
南美洲的金合欢树依靠蚂蚁防御杂草的侵袭，以及害虫和食草动物的啃食。作为回报，金合欢树会送一些甜味“零食”给它们的“保镖”，让后者住在树上的空心刺中。这看起来像是公平的互助关系，但实际上这种树会用一种酶阻止蚂蚁消化来源于其他地方的含糖食物。蚂蚁和金合欢树签订了主仆契约。
“我们需要区分重要与和谐这两个概念。微生物组非常重要，但这并不意味着它们的关系是和谐的。”演化生物学家托比·凯尔斯（Toby Kiers）说道。15运作良好的伙伴关系其实是一种互惠的剥削，这很容易理解。“两个合作伙伴都可能从中受益，但是其内部固有一种紧张关系。共生是冲突，是永远不能完全解决的冲突。”
微生物能迅速复制，又很容易彼此交换基因。在演化竞赛中，它们全力冲刺。与它们相比，我们简直像是在爬行。但我们可以通过与微生物建立合作伙伴关系，稍微赶上它们快到炫目的步伐。换言之，细菌能帮助我们活出一点“菌样”。
每颗药丸都出自一名志愿者之手，而非工厂的流水线，每一次生产都各有不同。这些胶囊之间的差异之大，惊动了美国食品药品监督管理局（FDA）。2013年5月，他们决定把粪便作为一种药物来管理。